在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
自幼在森林里长大的男孩卡内奇跟随抚养他的爷爷生活,他得到爷爷真传,性格单纯,武功高强,加上同样身世不明的女孩嘉惠以及狼族好哥们儿福利霸,卡内奇的生活无忧无虑。
21岁的透(冈田准一饰)爱上了母亲的朋友、年长他二十岁的已婚妇女诗史(黑木瞳饰),他们一见钟情并开始了地下恋情。透的好朋友耕二(松本润饰)也与家庭主妇喜美子(寺岛忍饰)有不伦关系,但情感十分复杂难解,他同时还有一位女友。