茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
典子(黑木华饰演)是一名20岁的女大学生,她每天过着迷茫和漂泊的生活,对自己的未来充满困惑。在母亲的介绍下,Daiko和她的堂妹Mizuko(由多部裕子饰演)去了附近的茶道教室学习茶道。这是Daiko第一次进入这个陌生而神秘的领域。
富士山下的小村庄正在进行热闹的祭典,突如其来的山火却让人们陷入恐慌之中,而天文学家白石良一(平田昭彦 饰)则在混乱中失踪。不久,当地发生滑坡、天坑等离奇事件,更有一个巨大、恐怖的机器人出现,对周遭城镇进行大肆破坏。