结果可想而知,宗一郎被前来的柔剑部部长枣真夜(久川绫 配音)及高柳雅孝(关智一 配音)一脚踢飞,倒霉的他掉入了刚洗完澡的枣亚夜(茅原实里 配音)身上,没想到枣亚夜对他一见钟情。于是,有着女性恐惧症的宗一郎在统道学园的快乐生活开始了。 而随着校园生活的推进,一些被称为“柱”的标志逐渐浮出水面,这些标志分别刻在谁的上?又代表了什么?宗一郎决定一探究竟。
2013年,一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时,神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前,继承了“伟大的灵魂”,并利用这一权力与“E基因持有者”作战。