故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界,武力的最高境界从使用利剑,转而到使用魔法,继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮,是个完全不会使用枪械,只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”,顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天,拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花,竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中,一场学园动作奇幻大作就此开始。
然而,试图获取布雷松日志的秘密组织研究员兰伯特,以及控制该组织的神秘男子杰拉尔德,挡住了他们的去路。布雷松的日志中隐藏着什么令人震惊的真相!?巴黎,墨西哥,巴西-一场史无前例的大规模寻宝活动即将开始!
在与一个异常强大的“虚空”的战斗中,露西亚受了重伤,别无选择,只能暂时将死亡之力转移给平崎一护代表她战斗。经过一段时间的调整,两人并肩作战,最终克服了杀死一护母亲的“空虚”。然而,在这段时间里,露西亚的哥哥Nobuyoshi(石原敬也饰演)不顾黑崎一护的生命安全,强迫她重新获得魔法。露西亚为了保护一护而拖延到与“虚空”的战斗结束,并清除了一护的记忆