这是一个神族、魔族和人类混居的世界，久而久之，人们竟然也习惯了这种不寻常的生活。故事发生在国立巴贝那学园之中，土见禀（杉田智和 配音）是一位平凡的少年，童年时期的悲惨遭遇令他早早失去了父母，目前寄宿在青梅竹马芙蓉枫（后藤邑子 配音）的家中，两人每天一同上课放学，彼此之间感情十分要好。 莉希安萨斯（青木沙耶香 配音）是神王的女儿，个性活泼开朗，擅长料理和运动；奈莉奈（松永雪希 配音）是魔王的女儿，在拥有高超智商的同时亦有着宛如天使的钟声一般美妙的歌喉。当两位纯洁的少女因为念念不忘曾经的邂逅而来到土见禀的身边后，会发生怎样有趣的故事呢？
2013年，在发现希格斯玻色子的阴影下，瑞士核研究机构“欧洲核子研究中心”启动了一项秘密计划。这个计划的名字是“尼安蒂克计划”。它的目的是研究干扰人类精神的未知物质。
在入学的第一天，柚子会见了学生会长雅一（由津田美波配音）。雅怡在学校里是公认的美女，在外表、成绩和家庭背景方面都远远落后于同龄人。由于一场误会，葡萄柚对雅怡产生了可怕的影响。更糟糕的是，当她回家时，她发现雅怡成了她忠实的妹妹，两人即将住在同一个屋檐下。
