2000年。在长野山脉的九郎山,一个神秘遗迹的挖掘工作正在进行中,一具戴着石化腰带的古尸藏在棺材里。谁知道,当调查小组打开棺材时,它也唤醒了它的死敌“古浪吉”。调查小组立即遭到不明生命体的袭击,全部死亡。
小新的失踪令美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)感到十分焦急,就在此时,一名代号肌肉(玄田哲章 配音)的男子出现在了两人的身边,很显然,肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉,但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索,美伢和广志得知小新身在香港,两人前往香港,在那里又遇见了肌肉,一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。
在日本的某个时刻,突然出现了一种奇怪的现象,所有的文学书籍都被染成了黑色。这是一场由书中作为“侵略者”而产生的负面情绪造成的灾难。被侵蚀的文学书籍将逐渐从人们的记忆中消失,最终变得好像它们从一开始就不存在一样。