在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
海伦在与保罗（约瑟夫·本内特饰）的短暂恋情结束后离开了威尔克斯一家。威尔克斯太太死前把整个霍华德庄园都留给了玛格丽特。亨利（安东尼·霍普金斯饰）隐瞒了这一事实，转而向玛格丽特求婚。离开霍华德庄园的海伦遇到了一个叫巴斯特的人（塞缪尔·韦斯特饰演），他们相处得很好。当玛格丽特再次见到海伦时，她震惊地发现还没有结婚的海伦已经怀孕了。这样的海伦被威尔克斯家族的长子查尔斯（詹姆斯·威尔比饰演）厌恶并驱逐。
自从8岁进入娱乐圈以来，高桥西子（高桥宏配音）一直生活在大家的赞扬和聚光灯下。长期沉浸在娱乐圈中，专家的性格变得傲慢和冷漠，但另一方面，他与普通社会的不断脱节也给他留下了出乎意料的简单和天真的一面。
