以此为契机，小叶遇到了秘密组织Sirrut，一个通过互联网走到一起的年轻人，包括葬礼藏人（神奈川宏配音）、指挥官春井康夫（Kazuta Yuko配音）、松尾一作（Nakamura Yuichi配音）、藤村俊（Kajima Kazuki配音）和吉山比鲁（Kawasaki配音）。他们的共同目标是终结“七原”（由野田贤二配音）的野心。陌生的伙伴和狡猾的对手，小叶前方的道路充满了危险。。。这部电影是同名动画的剧场版。
故事围绕高仓氏的三个兄弟姐妹展开，包括高仓小林（木村义弘配音）、高仓静马（木村吉弘配音）和病入膏肓的妹妹高仓义弘（荒川美穗配音）。有姐妹控制情结的高仓兄弟都非常珍惜杨秋，但医生让他们做好了随时失去妹妹的准备。
无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
