Satsuma(山田仁美配音)从小就住在“研究所”,从未冒险进入过外界。她具有随意改变周围物体的超强能力,因此她通常作为“危险物品”受到严厉监管。有一天,再也无法忍受的沙明逃离了研究所,立即被组织追捕。
在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。
拥有高达5级的超能力等级,宇坂美琴(佐藤莉娜配音)像往常一样,与Kazuki(丰崎爱生配音)和Kuroko Shirai(新井良美配音)等朋友过着普通的生活,偶尔会爆发激情,挫败破坏城市的各种阴谋。有一天,她在调查当前的一次卡牌事件时,遇到了来自长电计算机科技园的步树地新(Yumei Yeshan配音),并了解到了利用美琴的DNA大量复制超能力的“量产能人计划”。城市的角落里弥漫着不稳定的气氛。。。这部电影是Kamakuchi和Ma(原作)以及东川治(绘画)泄露的漫画系列《魔法禁书目录》第二季的电视动画。