一日,海人马琳(阿澄佳奈 配音)在海底捡到了一枚戒指,为了将它归还给失主,她和妹妹乌琳(堀江由衣 配音)来到陆地上,开始了一场大冒险。马琳顺利找到了戒指的主人宫守夏音(寿美菜子 配音),可是由于夏音的任性,戒指再度丢失。在寻找戒指的途中,马琳意外的打开了装载着邪恶力量的石棺,世界陷入了危机之中。与此同时,栖息在马琳和夏音体内的巫女力量也开始觉醒,作为“海之巫女”和“空之巫女”,女孩们能够战胜凶恶的幽灵吗?
故事发生在名为宫神学园的私立高中内,在这所学校里,存在着一个权利凌驾于教职员之上的学生会组织,名叫极上生徒会,在这所以学生为中心运作的学校里,极上生徒会不仅要维系学校正常的运作,还要解决发生在校园里的大大小小的麻烦。