その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后,小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中,他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”(基格尔德·核心)及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
由于外表的原因,日奈美阿修(由羽村秀吉配音)经常被误认为是女孩,这让他非常痛苦,并希望增加自己的男子气概。为了培养自己的独立生活能力,阿树在进入初中后独自前往东京,住在Haruhara村,开始了自己的生活。