世界著名的機械工學者葉山博士,連同大兒子譲治、次子竜治,為最年少的三弟健治舉辦生日會時,三人就在途中被達達星人捕捉了。 後來達達星人派遣機械人軍團侵略地球,此時由宇宙來了兩個機械人。他們就是移植了譲治及竜治所有性格記憶的天地雙龍。
小学六年级的Naotai和一个高中女生在一起真的很漂亮。Naotai哥哥的女朋友正在国外留学,正在河边共度时光。这本应是普通日子的延续,但最终以传说中的蜜蜂女孩静子驾驶电车与智泰相撞而告终。Naoto的头上长出了奇怪的角!而景子竟然成为了直太家族的仆人,进入了直太家。静子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义给直藤的生活带来了巨大的变化。
故事发生在21世纪初,当时日本仍处于德川幕府的统治之下。柳宗郎(平川大辅配音)世代经营道场,而宗郎本人肩负着成为下一任领导者的重任。尽管宗朗是德川家康的附庸,但他对幕府的独裁统治和武夫学院对学生的暴力镇压非常不满。