为了避免裁员激增，公司高层决定打开局面，将侵略的目标锁定在宇宙中。就这样，Fighter Six（由白井洋介配音）和Mizumi型仿生机器人Alice Moon（由福田洋助配音）被派往一个与地球环境相似的外星。谁知道这个星球上的人们正受到恶魔军队的骚扰和入侵。因此，六号战斗机自然而然地开始扮演一个勇敢的战士的角色，与当地居民合作对抗恶魔王军。
在这紧要关头，人类组成宇宙舰队远征火星，结果几乎全军覆没，侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时，一个神秘装置穿越万里银河坠落地球，经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助，人类决定孤注一掷，派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击…… 本片根据松本零士的同名原著改编。
贵苍翔（木村拓哉 饰）的理想是成为一名建筑师，尽管现实和梦想之间距离颇远，但贵苍翔从未产生过放弃理想的念头。一次偶然中，他和女友小花（宫泽理惠 饰）一同结识了著名建筑家耕介（田村正和 饰），耕介十分欣赏贵苍翔的理想和抱负，决心助他一臂之力。
