故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系,可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同,同时剧情表达上和第一季一样,每话由不同故事构成,各自独立成章,却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力,不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
NPC按照自己的意愿行事,除此之外,他们在纳萨利克之外开辟了一个他们从未见过的陌生世界。这只飞鼠为了寻找过去的同伴,以公会的名字自称为安兹乌尔公,并决定在另一个世界成名。他带着宣誓效忠的部下向一个新的领地进军。这位将世界掌握在自己手中的死亡统治者,再来这里!!
作品的男主角椿明本是都立风见台高中的一名普通的二年级生,但自从一位充满“谜”的转校生卜部美琴到来后,椿明的校园生活也变得不再普通了。卜部美琴是一个不会进行社交活动的孩子,她的兴趣是在上下课间的小休睡觉。