一天，胖虎（立壁和也 配音）、小夫（肝付兼太 配音）和大雄（小原乃梨子 配音）三人在空地讲着有关密境和魔境的事情，胖虎和小夫希望能去密境去探险，就拜托大雄去求哆啦A梦（大山羡代 配音）帮忙。
他想向他的朋友们展示真正的恐龙！奇迹再次发生在大熊身上，他真的找到了一个活恐龙蛋！大熊和叮当在家里孵化出了这只小恐龙，并在公园里秘密饲养。这只小恐龙一天天地长大了，公园里怪物的消息传遍了整个日本。为了小恐龙的健康成长，我们决定用时间机器把小恐龙送回白垩纪。没想到，一名神秘男子偷偷跟踪了他们，还来到白垩纪将比珠带走。为了保护碧珠，叮咚、大雄、强夫、吉安和静儿再次来到白垩纪
而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
