在第二季中,主人公七濑遥(岛崎信长 配音)以及好朋友橘真琴(铃木达央 配音)成为岩鸢高中三年级生,他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部,另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚(代永翼 配音)和怜(平川大辅 配音),积极准备着全国大赛的训练。 与第一季相比,本季最大的看点,就是新角色山崎宗介(细谷佳正 配音)的登场。他是凛(宫野真守 配音)小学时代的好友,游泳实力强劲,转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部,两支接力队伍,在未来的全国赛上,会碰撞出什么样的青春水花?
故事描述女主角小樱(木之本樱)与男朋友小狼(李小狼)和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了,一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了, 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下,小樱重新踏上了收集透明牌的故事。