有一天，嘉祥意外地发现两个猫女，Vanilla（左一智配音）和Chocolate（Yuki Yaki配音），藏在从家乡寄来的包裹里。心软的嘉祥最终决定收留这两个猫女。随后，豪放的红豆（井上实治配音）、骄傲的枫树（伊藤美莱配音）、温柔的桂（野口百合配音）、成熟稳重的椰子（水谷麻玲配音）也相继来到了家乡。
通产省武器课长永山掌握了政客远泽的贪污证据，因而遭到追杀，永山把一卷缩微胶卷的证据藏到一只迷途的猎犬“五郎”的颈圈中，永山被杀手杀害之后，“五郎”也成为杀手猎杀的目标，刑警安高在“五郎”的主人礼子的帮助下，终于将罪犯绳之以法。
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
