东都总医院给一名困难患者服用了一种新药，该患者在三天后死于突发心肌梗死。患者的遗孀中原直美（由吉濑美智子饰演）悲痛欲绝。她认为丈夫死于医疗事故，因此她要求“勒索律师”Kojo和Ma（由Tomoto Ohmori饰演）对医院提出指控。
幸存的人们建造了三堵巨大的防护墙，以防止巨人的入侵，并在这个与世隔绝的环境中享受了百年的和平。然而，作为“和平”的代价，人类已经失去了走出围墙的“自由”，像圈养的动物一样平静地生活。主人公艾伦·耶格尔对他尚未见过的外部世界感兴趣，但也渴望人类失去的“自由”。与大多数害怕巨人、盲目相信墙可以保护自己的安全并愿意在墙内生存的人类不同，他探索墙外世界的想法被认为是异端。十岁那年，当人们已经安逸了100年的时候，艾伦·耶格尔突然出现了一个前所未有的60米高的“超级巨人”，以压倒性的力量摧毁了城墙。之后它立即消失了，巨人们成群结队地冲进墙里捕食人类。
中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
