游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台,玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角,在追查神秘连续杀人事件时,潜在的“PERSONA”能力觉醒,同时也开启了进入异世界的大门,与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化,结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程;战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫,发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
1945年的夏天,二次世界大战的阴影从地球上空褪去。远在北方的色丹岛无法独占宁静,炮火轰炸过后不久,苏联人的战舰军队到来,令日本岛民们不知是吉是凶。