一艘属于美国的核潜艇在关岛附近失踪，日本后来证实该潜艇在事故中丧生。在调查过程中，国防军甚至发现海底存在巨型生物。与此同时，新泻高山、鹿儿岛池田湖、小笠原群岛等地区接连发生强烈地震和人员伤亡事件，50年前在日本制造巨大麻烦的哥斯拉恐怖记忆在人们心中死灰复燃。BS电视台女记者丽华·尤里（新山千春饰演）目前正在与同事调查一系列怪物事件。从一位神秘老人的口中，她了解到所谓的哥斯拉实际上是太平洋战争中死去的人的鬼魂聚集在一起形成的怪物。核潜艇事故引发的核泄漏似乎意外唤醒了哥斯拉。同时它还唤醒了巴拉戈、莫斯拉和凯多拉，它们被称为守护兽。日本国内正面临前所未有的灾难