富士山下的小村庄正在进行热闹的祭典,突如其来的山火却让人们陷入恐慌之中,而天文学家白石良一(平田昭彦 饰)则在混乱中失踪。不久,当地发生滑坡、天坑等离奇事件,更有一个巨大、恐怖的机器人出现,对周遭城镇进行大肆破坏。朝日重工的一名普通员工冈田格林朗(郎川大辅配音)在护送公司机密文件的旅途中,遭到一个名为黑岛商会的神秘组织的袭击和绑架,机密文件也被带走。为了确保机密不被泄露,朝日重工采取了删除行动,包括文件和冈岛绿人本人。