小智和皮卡丘以及他们的同伴在旅途中前进。有一天，宝可梦波尔克尼安从天而降，被迫和小智关在一起。Polkenyon和被人类伤害的宝可梦人住在一起，所以他非常讨厌人类，但这条神奇的链条让他们形影不离，精彩的故事从这里开始。
尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。 然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将Fungaia Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「Coffee Mall Damour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？
故事发生在桃园高中之内，加贺良介（下野紘 配音）是学校里出了名的好色之徒，对美少女的一切都十分热衷。某日，良介偶遇了名为丽萨菈（远藤绫 配音）的神秘女子，其真实身份竟是出身名门的死神，在阴差阳错之下，良介和丽萨菈签订了契约，他所要付出的代价竟然是他的色欲之魂。 大仓美菜（石原夏织 配音）是良介青梅竹马的玩伴，美菜内心里一直喜欢着善良的良介，然而却选择将这份感情深深的埋藏在心底。丽萨菈的妹妹裘儿（西口杏里沙 配音）亦身处人间界，一心想要打败姐姐取而代之的她却最终成为了失败者因此丧失了魔力，于是，裘儿和美菜签订了契约，就此，一段复杂的四人关系拉开了序幕。
