与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
陆路修和他的妹妹隐藏着自己的身份，过着看似普通的学生生活。然而，陆鲁修对帝国的仇恨并没有停止在他的心中。他希望摧毁帝国，创造一个让他妹妹能够幸福生活的世界。随着神秘女孩C·C的出现，这一切变得不再遥远。此时，朱雀也再次出现在他们的生活中，但残酷的现实让儿时的朋友们很难重温童年的记忆。这里没有正义或邪恶，没有黑暗或光明，只有艰难的选择和不可预测的明天。
