故事发生在2029年，当时受到病毒袭击的日本陷入混乱，被一个名为“GHQ”的暴力组织接管。政府逐渐成为傀儡。在这样一个动荡的环境中，小仓曼二（由加吉由纪配音）只是一个普通的高中生，过着平凡的生活，直到这个女孩楪 ki（由茂野爱一配音）出现在他面前。齐的真实身份是“殡葬协会”的成员，该协会不断从事危险和残酷的战争，旨在从GHQ手中夺回日本的自治权。在该组织领导人津上信也（中村裕一配音）的指导下，他成为了该组织的一员，并结识了Ayase Miyako（川崎配音）和Thrush（武田彩奈配音）等同事。随着战斗的升级，各种迹象表明，姬似乎拥有神秘的力量，而在许多敌人背后隐藏着什么强大的存在，大家都不知道
但在这个小镇上，有一段前原惠不知道的过去。这场活动也拉开了序幕。《暮光之城》的故事将从《暮光之城》继续。与过去相同的周期似乎在不知不觉中发生了变化。
学习成绩优异的水谷雨（土屋泰丰饰演）性格冷漠，不愿意与周围的人交往。这一天，她被老师指派给一个很久没上学的男孩送作业。这名男孩名叫吉田纯（由神田直人饰演），在开学第一天因打架被停课。然而，在惩罚解除后，他很长一段时间没有来学校。
