影片改编自町田康同名小说，讲述非凡的剑客掛十之進在播下灾难之种之后面对的系列故事。
在入学的第一天，柚子会见了学生会长雅一（由津田美波配音）。雅怡在学校里是公认的美女，在外表、成绩和家庭背景方面都远远落后于同龄人。由于一场误会，葡萄柚对雅怡产生了可怕的影响。更糟糕的是，当她回家时，她发现雅怡成了她忠实的妹妹，两人即将住在同一个屋檐下。
警方為應付未確認生命體而開發了G3系統，這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行解碼。
