值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
贞观年间，太子李承乾走近自己的侍女，并在满意的见证下。令人羡慕的是，满意找到了太子的隐藏龙袍，让他穿上，并命令画家刘含岩作画。出乎意料的是，这一举动暴露了王储篡夺王位的意图。太子找不到一幅画，于是命令部下东城灭掉刘汉炎家族。
但空凭着对篮球的热情，与九头高篮球部成员们在相互冲突当中共同成长。在接连面临的种种困难面前，九头高篮球部的成员们将会如何面对……！？
