统一的历法是1926年。Tanya von Tigurechaff 少校领导的第203帝国空中魔法司令部，发起了一场针对南部大陆共和国残余军队的战役。他们期待着一个胜利的假期，但在他们的祖国正在等待着他们的特殊使命是工作人员总部。
初中三年级女孩小凑伊纯（濑户麻沙美 配音）即将在毕业后搬到东京，只不过她对此始终无法全然接受。随着毕业的日子一天天临近，伊纯依旧故步自封。毕业式当天，伊纯独自漫步海边，在那里她捡到了晶莹剔透的海蓝色晶体碎片。
担任动画监督兼系列构成的是宫崎なぎさ，角色设定负责是佐藤寿子，担当动画制作的公司定为ZEXCS，动画具体放送日期目前未定。 《最终试验鲸鱼》的PC游戏由CIRCUS公司于2004年12月23日正式发售，在2005年12月23日为纪念发售1周年发行过FANDISC《最终试验鲸鱼～Departures～》，并于角川书店发行的《Comp-Ace》杂志上以《最终试验鲸鱼 ～progressive～ C-side》为名，宇佐美涉执笔进行漫画的连载。据悉，其PS2平台游戏目前也在开发中。《最终试验鲸鱼》讲述了主人公久远寺睦是巡回马戏团的一员，某日他们来到了天空中有鲸鱼游弋的城市，而他在鲸鱼之丘上遇见了神秘的鲸鱼少女的故事，随着美少女们一个个登场主角久远寺睦也开始忙碌起来。但这个城市背后到底有着什么故事呢？
