从那时起，五年过去了。亚马逊几乎被驱逐，世界正在走向和平。然而，感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大，政府成立了一个新的4C组织，秘密驱逐亚马逊化的人类。其中，童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。
故事发生在一个叫纳特拉的王国，在父亲生病后，凡尔纳王子（由齐藤聪配音）终于承担起了独自治理整个国家的责任。纳特拉真的太虚弱了，每天都受到邻国的欺凌和侵略。韦恩没有足够的钱来整顿他的内政，也没有足够的战斗力来入侵和掠夺其他国家的资源。
边见瑞纪（下田麻美 配音）的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周（土田大 配音）。一日，瑞记偶然打开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书，没想到，一只娇小可爱的蜘蛛娘（金田朋子 配音）从中掉了出来。
