无法在这个世界使用炼金术的爱德华,与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技,希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界,弟弟阿尔冯斯修行炼金术,打扮宛若曾经的爱德华,与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中,慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式,连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起,爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
他们抛弃自己的身体,将自己的精神和灵魂沉浸在Diva构建的虚拟空间中,尽情享受快乐,没有任何痛苦。但是,自称是Frontia Seta(由Hiroshi Kamiya配音)的黑客让维护迪瓦网络安全的中央安全局坐立不安。为了彻底揭开这个神秘的敌人,该机构派遣三等军官安吉拉·巴尔扎克(由Naomiya Rihui配音)返回地球进行调查。控制着先进机甲的Angela率先击败了蜂拥而至的沙子巨虫,然后遇到了前来迎接他的Dinge(三木新一郎配音)。两个性格完全不同的伙伴一起出发,到达了弗龙蒂亚可能藏身的小镇杰德。安吉拉在那里了解到了令人惊讶的事实,她曾经坚持的信念开始动摇