三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
在一次盗窃废弃机甲零件的过程中，他意外遇到了一个名叫阿玛拉（卡丽·斯佩尼饰演）的年轻女孩，她自己组装了迷你机甲。之后，在妹妹森莫美子（菊地林子饰演）的安排下，杰克和阿玛拉莫在玉兰基地接受了机甲驾驶员的培训。与此同时，总部位于上海的邵氏集团在总裁邵立文（景甜饰演）的领导下，致力于用无人机甲取代传统机甲。就在这个关键时刻，一个与复仇流浪者极其相似的黑色机甲突然出现，对人类发动了无情的杀戮。人们发现，遥远的外星“先驱”仍在蠢蠢欲动，不断等待消灭地球人的机会
故事发生在真实的森林中，神秘的神秘现象频繁发生。根据一些目击事件，主人公的未知恐惧遇到了未知的“那个”。
