有一次,全田纯一郎(村上秀吉配音)怀着成为推理小说中著名侦探的远大梦想申请了警察学校。如今,33岁的他仍然只是警察局的一名小助理。令他惊讶的是,上级的一份文件为他从此的悲惨生活奠定了基础。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。