此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导，不仅使用CG，还加入动作场面和科幻效果，制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万)，于2011年12月10日在日本全国公映。
高川美宇突然收到一封信。信中说她已被选为新项目的成员。她半信半疑地走到信上写的地址，那里有七个像她一样被召唤的年轻女孩。一个巨大的秘密设施引起了他们的注意。
呆萌可爱的当红偶像成木野美香丹（雨宫天 配音）、整天宅在家里沉迷于游戏之中的曳尾谷爱（寿美菜子 配音）、其貌不扬却身为超级黑客的台初明香（钉宫理惠 配音）、虽然身为灵媒师却不相信幽灵存在的秩父拉布拉（户松遥 配音），居住在古来馆的，是这些个性迥异稀奇古怪的房客们。在寻找圣典的同时，游太那神秘的过去也渐渐浮出了水面。
