执著的平野为了接近名美，于是请求英树留在这里工作。 此后的日子里，两人的关系平平淡淡，波澜不惊。某个夏日的雨天，名美到一处房产寻找平野，结果两人发生关系，并险些被英树撞破。数日后，房屋中介所进行假日旅行，喝得醉醺醺英树四处寻找妻子，最终在温泉浴场看见平野和名美一丝不挂地泡在池中洗澡。英树恼羞成怒，赶走了平野。自此之后，平野蜗居在河边的一个小工厂里工作，当他和名美再次相遇时，心中已对英树产生了杀意……
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
六个新的“故事”已经开始了。故事系列第二季是根据西尾维新原作改编的电视动画，是一部名为故事系列的轻小说。内容包括故事系列的五部作品，包括《猫的故事（白色）》、《小费的故事》、《失落的故事》，《鬼的故事》和《爱情故事》。
