一天，一位名为三千里切那（铃木达央 配音）的男子被海浪冲到了沙滩上，失去了重要的记忆的他，只知道自己背负着拯救世界的使命。在岛上，切那邂逅了只在夜晚出门的顽固家里蹲御原凛音（田村由香里 配音）、个性大大咧咧有些男孩子气的枢都夏莲（阿澄佳奈 配音）和拥有着悲惨身世灵感力极强的伽蓝堂纱罗（山村响 配音）。
该计划涉及使用在小笠原附近发现的神秘生命形式“龙”开发生态武器，然后使用“龙”直接摧毁Tanatos。在这个计划推进的过程中，这位两年前因事故失去家人的孤独年轻人遇到了一个神秘的女孩，她在一次命运般的邂逅中救了他。。。神秘的生命形态“龙”是一种高度智能和超攻击性的终极生命形态。在小笠原深海发现的蛋状“龙”被送往“ISDA”进行秘密修炼
