时间来到最终决战的两年后,在本应已迎来和平的地球上,怪兽们再度倾巢而出。 与此同时,世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT(精英胜利队)也迎来了新的队长——时冈(中村优一 饰),众人开启了调查。
即便如此,尤娜仍然无法放弃心中对苏芳的爱。有一天,她决定向父亲倾诉这种情绪,却意外突破了苏方杀害父亲的现场。就这样,尤娜和警卫哈克(由前野敏夫配音)踏上了逃亡之旅。只有在他们的帮助下,Yona才有可能获得生存的希望,包括忠诚的白川白朗(森田诚一配音)、冷峻的苍龙精也(冈本信彦配音)、温柔体贴的青龙斋和(水川顺一配音)和可爱的黄龙泽诺(岛野配音)。