《创圣大天使LOGOS》讲述由于SNS的普及，现代的无意义文字正在增加。在文字的世界LOGOS WORLD，发生了影响到现实世界的异常事态。灰吹阳等创声部的成员为了解开文字中隐含的意义，直面世界的危机。学习成绩优异的水谷雨（土屋泰丰饰演）性格冷漠，不愿意与周围的人交往。这一天，她被老师指派给一个很久没上学的男孩送作业。这名男孩名叫吉田纯（由神田直人饰演），在开学第一天因打架被停课。然而，在惩罚解除后，他很长一段时间没有来学校。
