涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。 不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”，并要求他们守护涩谷。 绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。 孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而与“未来”战斗。一定要回到原本的时代——
叶山由奈（茅原实里 配音）是一个扎着双马尾的眼镜娘，外表可爱的她却有着一个令人匪夷所思的秘密——对青春期少女的内衣格外的执着，一旦发现有人穿了不合时宜的内衣，无论如何都控制不住的想要去提醒对方。
寄宿大学生高桥美由纪（高桥樱井配音）和伟大的作家Uzusawa Akihiko（花田宏配音）继续第一部，继续他们的爱情故事。在《明彦》编辑香川女士和丸川书店老板的怂恿下，三崎同意参加明彦的菊川奖纪念酒会。
