故事发生在日本江户时代,当时一名神秘男子出现在武士桂(石田明配音)面前。他手里拿着魔剑“红樱”,要求对其进行测试。当晚之后,桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松伸树配音)从万石屋找到了信高(Naomiya Rihui配音)和信矢加(Sakaguchi Daisuke配音),并委托他们寻找主人的下落。与此同时,银石(杉田智和饰)也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上,由于远离警方的管辖范围,飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里,银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三(由齐安武史配音),他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子,另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生,拯救江户?这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》,没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
生活在人类和怪物之间忙碌的夏目,意外地在城市里与以前的同学团聚,从而回忆起被怪物纠缠的痛苦回忆。就在这时,夏目遇到了一个名叫Tsumura Ronglizhi的女人,她出现在了怪物的记忆中,这个怪物还给了她名字。
而到了海底,胖虎和小夫却想总想着去幽灵船寻宝,结果遇到了危险,大家也意外发现海底居然也居住着人类。进而发现亚特兰提斯和姆联邦这两个国家争相进行军备竞赛,得知亚特兰提斯预备发射鬼角弹的事,如果亚特兰提斯发射鬼角弹,那么全世界都会毁灭,因此为了阻止鬼角弹发射,大雄他们决定去亚特兰提斯的百慕大海域阻止这个阴谋。勇敢的少年们能拯救地球吗? 本片是哆啦A梦剧场版系列的第四部。