《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。在一个每个角落都被探索过的世界里,唯一剩下的秘密领域是大洞穴“深渊”。我不知道它会在哪里继续。巨大的垂直洞穴,深而无底,栖息着奇妙而奇怪的生物,睡在今天人类无法创造的珍贵遗迹中。“深渊”令人难以置信的姿态吸引着人们,驱使他们开始冒险。