在日本东京的国际大都市，从小在山里长大的长岭恒（松山贤一饰），现在作为一名交易员在金融圈打拼。直到有一天，他接到了母亲（田富美饰演）从家乡打来的电话，才得知一向严厉坚韧的父亲勇夫（小林饰演）在营救一名登山者时不幸去世。
外表怎么看也不像是个医生，不论何时都我行我素，而且说话也毫不留情。但他一旦面对怪病，就能瞬间发现患者们隐藏在心中的烦恼原因，并加以治疗。
东京峰会即将举行，为了确保会议的顺利进行，日本警方部署了约2万名警察，对位于东京湾的超大型设施“海洋边缘”进行安保工作。在严密的预防和控制下，这里已经发生了爆炸。令柯南和其他人惊讶的是，现场留下了对毛利小五郎（也由小山利配音）极为不利的证据。
