經過七個特異點的戰鬥,人理延續保障機構‧迦勒底終於來到了聖杯探索的最終地點——冠位時間神殿所羅門。要奪回人類的未來,必先要打倒所有事情的元兇‧魔術王所羅門。在迎來最終決戰之前,各人都有自己的安排。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。