五通神有着两个分神，分别为女魔（一条小百合 饰）和男魔（黄秋生 饰），他们共同吸收阴阳之气，以此来维持魔力。一次偶然中，男魔遇见了名为小燕（曾小燕 饰）的少女，被后者的善良和清纯所吸引，两人之间展开了
大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。
故事发生在一个叫Sakura Shin的小镇上，那里的人类和怪物打着和平的幌子生活在一起。然而，盛开的樱花带来了危机的预兆，越来越多的怪物出现在这里，人类和怪物的世界也开始融合。为了应对这场危机，“碧泉生命咨询公司”的成员挺身而出。
