就这样，盖亚斯转世到了一个遥远的未来世界，并获得了马蒂亚斯这个名字（由玉城仁才配音）。他怎么会知道他引以为傲的魔法徽章在这个世界上被称为“十字图案”？在这个魔力已经衰退的世界里，马蒂亚斯能获得他的欲望吗？性格谨慎且非常有礼貌的露丽（宫凌代纱配音）、与露丽形影不离的阿尔玛（白石清香配音）、外表可爱却经常惹大麻烦的Iris（井上实治配音）。在这个世界上，马蒂亚斯逐渐结交了一群值得信赖的朋友。
尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。 然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将Fungaia Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「Coffee Mall Damour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？
当系统检测到某人的犯罪指数超过正常范围时，它会派出“执行人员”进行“强制纠正”。当然，这些技术娴熟的高管本身也是犯罪指数很高的“危险人物”，因此有“监控人员”对他们进行监控是至关重要的。故事围绕着这些高管的不同性格展开，包括金健二（关敬一配音）、井野伸一（野岛健二配音）、Masaru Jiji（Hon Akira配音）和Toshio Akira（石田昭昭配音）。它也属于他们的专属监视人员。当正义和道德相互矛盾，阴谋和理想并存时，他们会做出什么选择？
