神创造了一切生命，但同时也创造了所有邪恶。故事是从中空回廊封印的有机天使亚蕾克西儿之躯体被盗开始的。邪鬼族王女九雷与其堂兄紫罗九音，为了让亚蕾克西儿复活而前往人界寻找亚蕾克西儿灵魂所托之人，于是遇上了这一世亚蕾克西儿的持魂者——无道刹那。 当时刹那正陷入与其胞妹无道纱罗的矛盾苦恋中，无暇顾他。同时，偷跑来人界的智天使肯达为解救被封印的前炽天使长兼天使军总司令狂天使无机天使罗洁爱儿而实行“天使禁猎区”计划，揭开人界天界魔界新纪元的大事件即将发生......
RIDER KABUTO是幪面超人诞生35周年纪念作品，采用昔日昆虫(巨型甲虫角日语KABUTOMUSHI)的设计，配合如幪面超人555般充满金属机械感，当中新颖的战斗场面采用了有如Matrix的拍摄手法，大量CG增加了速度感及观感， KABUTO的技能及必杀，更显其更潇酒有型。 故事讲述涉谷被掉下的宇宙硕石毁灭，七年后出现的宇宙生物WORM四处杀害人类，纵使日本特别组织ZECT出动也徒然，成员加贺美新知道只有开发的腰带能与宇宙生物匹敌，但给拥有静头脑且身手敏捷的天道总司，取得甲虫形态KABUTO ZECTOR的控制权变身幪面超人KABUTO把WORM打败。 随着七年前与岩石掉下毁灭涉谷的宇宙生物WORM，基本形态为绿色的「蛹」，统一的外貌有一双手掩盖面孔，遇见过的人类便能模拟对方面貌、行为及声音，在人类社会杀害及侵略活动，纵使ZECT军事武器也未能使WORM损伤。从「蛹」进化脱皮为成虫，而外貌变化各有不同，活动及破坏能力也大大提升，并可进行超越人类感知能力的加速运动性，此现象被称为「CLOCK UP」。
