ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合(E.U.)の戦争は大きな転機を迎えようとしていた--。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。女子高校生あおの元に届けられた謎の小包には、フレームアームズ・ガールと呼ばれる完全自律型の小型ロボット「轟雷」が入っていた。轟雷は人工自我、AS(アーティフィシャル・セルフ)を搭載した最新型の試作機。