1998年夏季,拥有预测型未来视的女孩濑尾静音(井口裕香 配音)邂逅伽蓝之堂的黑桐干也(铃村健一 配音)。从对方口中,她了解到未来视的真相,心中的疑惑和焦虑也烟消云散,但同时也看到了干也悲剧性的未来。
在不久的将来,日本政界人士将正式启动“ARK计划”,以提高智能机器人的研究水平,从而促进社会发展。光明寺的Nobuhiko医生(由长岛一郎饰演)秉持着正直的态度,参加了此次活动。然而,相关负责人实际上有意以“ARK计划”为幌子开发军用机器人。
12年前,发生在林加德王国的事件,留下了一个巨大的谜团,正在从人们的记忆中被遗忘。随着时间的推移,主人公薇和莉娜的两个姐妹在阿纳斯蒂亚王国过着稳定的日常生活。一天,一架巨大的飞机袭击了阿纳斯塔西娅。以这一天为分界线,女孩们的命运被卷入了漩涡。