在不久的将来,曾经熙熙攘攘的东京因核电站事件而成为一座死城,成为世界上最大的鬼城。然而,即使在这片荒凉的废墟中,仍然有幸存者在这里徘徊。20XX年,三名没有任何辐射防护设备的年轻女孩出现在旧东京。
艾伦驾驶巨人的力量重获人类自由,在西耶纳墙的斯托海斯地区与“女巨人”发生了对抗。巨人之间的激战被艾伦艰难地赢得了。即便如此,艾伦和人类还是没有时间休息。下一场战斗已经宣布开始。面对一大群巨人逼近玫瑰墙,人类将如何面对敌人!?
此时的涉谷地区,正在发生名为“New Gene”的连续猎奇杀人事件,以被害者死状惨烈而臭名昭著。一日,拓己在网络聊天室里遇见了一名自称将军(代永翼 配音)的神秘人物,将军用津津乐道的口吻预言了下一次的猎奇杀人事件始末,并且传来了血腥暴力的现场照片。 一开始,拓己只当其是恶作剧者不予理会,但数日后,将军所预言的一切都成为了现实。拓己偷偷潜入犯罪现场,撞见了浑身是血眼神空洞的女生咲畑梨深(喜多村英梨 配音)并认定她就是杀人凶手。但不久之后,梨深却又以昔日老友的身份出现在了拓己面前。凶手究竟是谁?将军的真实面目是什么?在现实与幻想之间,拓己混沌的头脑要做出一次又一次的关乎于性命的选择。