在一个偏远的住宅里,发生了一起骇人听闻的神秘猎杀事件。一具女尸被切成两半,然后切掉了她的手和脚,静静地散发出腐臭的气味。吉田和负责此案的女刑警菊子(水野美二饰)立即展开调查。
某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
自从五年前妻子(酒井正树饰演)死于交通事故以来,一家小型钢铁厂的厂长中村贤一(酒谷贤一饰演)一直沉浸在失去妻子的痛苦中,无法自拔。在过去的几年里,妻子的最后一条电话信息和他已故的物品引起了他无尽的渴望,也阻碍了这个颓废悲伤的男人走向新的生活。