尽管摇摆不定的村庄里所有的客人都是女性，但董孔玉最终还是在这里找到了立足点。天真可爱的花Yonaga（岛川美由纪配音），每天沉迷于妄想症的美少女偶像宫崎千寻（铃木由里配音），对怪物深恶痛绝的通灵忍者高桥赖（高桥赖配音），醉酒燕子男孩的后代，野霸Tsutomako（Yai Kazuma配音），还有那些和德川家康住在同一屋檐下的奇怪而美丽的女孩。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
这个获得强大魔法的女孩，尽管遭受了多次身心伤害，但仍然引导人类走向胜利，并最终结束了战争。但这只是一场新战争的开始。国际犯罪、不分青红皂白的恐怖袭击、内战、争端。魔法女孩的战斗还没有结束--
