这两个人正计划前往温德普岛偷走珍贵的钻石时钟，而金色梅里很可能被驻扎在岛上的扑克牌海盗集团偷走。不久后，他们遇到了扑克海盗队，但在第一次遭遇战中，他们被击败了，娜美甚至被另一支队伍带走了。为了取回飞船和同伴，以及获得钻石时钟，草帽海盗队和小偷兄弟相互对抗，向Windup岛前进。。。本片改编自日本漫画家小田荣一郎的同名原作，是2001年上映的第二部动画剧场版，由小田兼任作画监督。
3天前，在京都市内发生了一起奇怪的事件，在死者咖啡店老板武村勇介的遗体上，发现了3个汉字连在一起的红色墨水写下的“男”字。奇怪的是，5年前在东京都内也有两名IT界人士相继被杀，在各自的现场留下了“虫”和“品”的红色墨水文字，至今仍是未解决的案件。 在事件现场留下的，朋和理沙注意到了现场留下的都是三个汉字连在一起的“品”形文字。她们认为很有可能是凶犯时隔五年再次犯案。尽管这一猜想被上司否定，朋和理沙仍然没有放弃，继续寻找着时间的真相。 就在这个时候，她们得知了被杀的武村在4,5年前曾就职于最大的软件公司这一线索。而且，武村被杀的两天前，与该软件公司的社长有过会面。为了进一步搜寻线索，朋和同事一起前往该软件公司，却不料吃了闭门羹。 就在此时，东京都内竟然又发生了新的杀人事件。看到留在现场的红色墨水的“品”形文字，理沙立刻改变了眼神，洞察出了事件的不简单...
